历史上曾经有过多次严重的流行病，如鼠疫，麻风病，坏血病等，第一次大的流行病的发生，对蓊共卫生的发展都有较大的推动。本文摘选的是几个不同的世纪中的关情况。
14世纪流行病到处猖獗，人类遭受到的蹂躏可称空前绝后。其中最主要的是被称为黑死病的腺鼠疫的大流行，此外还有麻风病、坏血病和流行性感冒(多由十字军传入欧洲)、麦角中毒、舞蹈狂和出汗病等也在欧洲盛行。那时人们自然将这些病患视为如毒物、久旱、暴风雨、星辰等人为或超人为的原因所致。今天我们却不难找到平淡无奇但是重要的原因：中世纪的城市里充满了污浊不讲究卫生的恶习，更加兵燹连年，以致居民混杂，风纪荡然。特别引人注目的就是黑死病，其灾害扩及整个欧洲大陆，几乎使那些繁荣的城市都化为荒凉之地。由于灾难而引起经济和社会生活的停滞不前，同时也影响到医学的发展。它促使医学必须进行新的研究，首先急需抵制瘟疫的措施。鼠疫，其形态常如肺鼠疫。大多数病人于患病三四日后即行死亡。这次鼠疫大约在1333年，最初发生于亚洲内地，后由于通商而传布到印度及其他国家。其主流经克里米亚和黑海而到君士坦丁堡，然后由美索不达米亚和阿拉伯商人做媒介传入埃及，及至1346年末1347年初，中亚、埃及和欧洲南部各地几乎全被此灾祸所笼罩，随后又势不可当地蔓延到西西里、意大利和法国南部。在1349年又经过荷兰、法国而传播到英国、德国和波兰，到1351年至1352年又传到俄国。及至1353年欧洲虽仍时有发生，但已无大规模流行，也不那样猛烈。1357年出现于布拉班特及多瑙河流域，1359年佛罗伦萨再度受灾，1360年到了亚威农。在1362年和1364年又复发生，但依照流行病的惯性，复发时威力总是比较弱的。由于这些次恐怖的鼠疫流行，产生了大量医学文学与通俗文学，其中有的是讲怎样对付鼠疫；同时也促成了一系列的立法措施，这是历史上第一次为抵制传染病的蔓延而颁布的防御法令。
用意大利文第一次描述鼠疫情况的是方济各教会修道士皮亚扎，在他所著《西西里史》(1361)一书中曾记载着，在1347年10月初旬有13艘威尼斯帆船从墨西那海港载运难民来到威尼斯，鼠疫就被带到该城。关于此病症状该书有着生动的叙述："因为这是一种借着呼吸传染的疾病，当人们谈话时，即从一人传到另一人。所有患者都感到难忍的疼痛，有的浑身剧烈颤抖。由于疼痛、颤抖和呼吸受染之结果，臂部和股部都呈现出豆核状的脓疱，它感染并贯穿到体内，因而患者猛烈吐血，此种可怖之症，医治无效，持续三日后，即行死亡。不只是与患者交谈可招致死亡，就是从他们那里买到或是接触到、拿到任何东西，都能受染致死。"
萨卢塔蒂在他的文章里叙述了当时鼠疫在佛罗伦萨流行的情况，和他为保护自己不受传染所采取的方法："我采取了合乎卫生的生活方式，并且手里随时握着一颗香料丸。"他还斥骂那些因躲避疾病而逃出城去的市民。对应否放弃曾遭鼠疫侵袭过的城市问题为一般人道主义者所经常讨论。据维拉尼(Villani)说，佛罗伦萨在1348年的灾难中就死去10万人以上。威尼斯和伦敦也各死亡在10万人以上，另外的一些城市如巴黎、亚威农各在5万人以上。据牛津校长理查·费次腊尔弗称，当时学生人数由3万人减至不足6千人。此次鼠疫甚至传至格陵兰岛，据查理·沃曼说，当时与美洲大陆已有接触的一个村镇，因鼠疫而遭毁灭，以致影响到北美的全部历史进程。
欧洲大多数的国家都迅速出现关于鼠疫及抗鼠疫方法的大量写作。其中最著名的当推1348年死于鼠疫的贞泰尔·达·弗利格诺所著《防疫顾问》。他为热那亚和佩鲁贾两城市所提的建议，有对于饮食的指导，通大便，放血以及各种应服的药品，此外还提出了隔离的建议。另外一部有价值的作品是科勒所著的《实用医学》。黑泽还引证当时居于法国的比利时人西蒙·科维诺(Simon Covino)的记述。这些作品大都阐述了鼠疫的现象，并推荐了治疗法，如用松和落叶松的松香熏蒸法。
在乔利阿克的著名外科论文中曾述及1348年亚威农的鼠疫，那时乔利阿克正在亚威农担任教皇的御医。"该疫在1348年发现于亚威农……从正月起始，延续达七个月之久，表现出两种不同形式。第一种流行了两个月，患者持续发热并咯血，大多三天即行死亡。第二种流行了五个月，患者也是持续发热，身体外部发生脓肿与痈疮，主要位于腹股沟与腋部，患者多在五天内死亡。这种病的传染性非常大，特别是咯血的患者，与之接近探视都无不染上此病。亲如父子亦不能相互探望。此时仁慈已告绝灭，希望也濒于绝境。……妥善自卫之道只有趁未被传染之前及早脱离祸患之地。以芦荟丸畅通大便，用放血来减少血液，以焚火来消毒空气，以番泻叶和一些馨香之物舒畅心胸，以杏仁丸剂来安神和气，以酸物来抵御腐败。治疗之道在用放血法、排便法及舐剂和香酒等。对于身体外部肿胀，则用去皮的无花果与熟葱混入酵母和乳油涂敷以使之变软，然后割开按溃疡治疗。对于已成了痈的，则以杯吸法、划痕法、烧灼法治疗之。就我个人而论，为了避免受人唾骂，我不敢擅自离去，但是我又无时不在提心吊胆地自卫，终使我能以应用上述的各项治疗方法。虽然如此，在瘟疫流行的尾声里，我终于病倒，持续发热，而且在腹股沟肿起一块，共卧床六个星期。病状险恶时我的友人都认为我难免于死。但是后来脓肿逐渐熟溃，依前述方法治疗，终获痊愈，于是我才逃开了上帝对我的召唤。"此外佩脱拉克的友人托马斯·德尔·加尔博也曾推荐过类似的方法，如用泻剂、放血和施用乌糖浆，等等。他提出看护病人许多应当注意的事项，同时主张居处不可拥挤，饮食不可过饱，饮酒比饮水为好。至本世纪末叶，帕多瓦大学的著名教师托西革纳诺在他写给维斯空提的一封信中说明了六种抗鼠疫药方，每日需要交换应用，这是最初成套的防疫方法。在瘟疫流行时他主张禁止结婚，而且极力反对人们"谈论政治"，这或是因为他希望病人保持良好的心情吧!他肯定地说曾看到不少人由于直接接触而受感染，人们广泛相信这种瘟疫从衣服上也能传染。
1348年巴黎医师学会发表了一篇重要的文章，标题为《巴黎医师学会对流行病的概述》。对于预防与饮食的处理，医师学会建议在居室内、公共庭院或人口杂处之处都以香料和甘菊植物类熏蒸消毒。不可进食家禽及含有大量脂肪的肉类，只能吃些不加调味品的干肉，黎明即应起应，应当进食新鲜晒干的水果，但橄榄油可发生致命作用，决不可吃。医师学会认为沐浴是危险的事，而性交更足以致命。1349年蒙彼利埃医师学会也曾发表了类似的文章。当时的医生们采取了许多预防措施以避免瘟疫的蔓延，他们建议常以玫瑰水和醋刷洗病人居室，并且将醋装罐中放置室内，以使醋的蒸汽与不良气息混合。
当时医生所穿服装是一种很奇特的长袍，可以遮盖全身，手上戴一副大手套，鼻前系上一块海绵，海绵吸满浸有丁香和肉桂粉的醋。在病室行动宜缓慢，这样就会尽可能的少吸到病室中的浊气。病室空气应流通，昼间门窗尽量敞开，夜间至少也应通风一次。
自从"黑死病"发生后，读者常可体会到《保健指南》转变了趋向，着重于鼠疫和防疫方法的叙述。这类知识不久发展到懂得需要有社会的保障。当瘟疫流行之初，米兰当局曾采取有力措施，使该市在数月内未遭鼠疫侵袭。当14世纪末瘟疫再度猖獗时，1374年威尼斯首先颁布对所有来往客商，无论是已受传染的或有感染嫌疑的一律不准进城。其他意大利的城市也都先后照例而行。早在1348年丹多罗总督即曾任命一委员会专门督导下列禁戒事项：死尸的特殊殡葬，墓穴的深度，严禁死尸暴露街头，对外来船只的戒备等。患者被安顿于城外指定的地方，实行隔离，凡得知有人患病，即须呈报。在亚得里亚海东岸的拉古萨共和国首先颁布了对海员的管理规则。距离城市与海港相当远的地方，被指定为登陆之所，所有被疑为受鼠疫传染的人，须在空气新鲜、阳光充足环境里停留30天后才准入境。任何人与外来旅客有所接触，也要实行隔离。不久，30天的隔离仍被认为不安全，于是又延长至40天，称为四旬斋，这就是现代通用的名词"海港检疫"的来历。1383年马赛成立特设的海港检疫站。威尼斯及其他沿海都市也都将这些防御鼠疫的公共措施用法律形式规定下来：对所有有传染嫌疑的房屋，都施以通风和熏蒸，室内家具在日光中曝晒消毒，有传染可能的衣服与被单等物全部焚烧，同时对街道和水源也加以管制。于是在客观形势驱使下建立起卫生法规，同早年间已为人们所遗忘了的防御麻风病的措施相类似。威尼斯地处沼泽之乡，而且饮用水源缺乏，但它警觉地实行了卫生措施，例如将雨水蓄存于水池中，然后加以有效的过滤。于是威尼斯第一个设立了水务官，这是不足为奇的事。
于此我们可以看出，中世纪后期已经对卫生预防工作有良好而切合实际的观念，并且迫于当时的情况也有必要规定适当的卫生法规。鼠疫的流行，的确对这种发展产生了很重要的影响。
本世纪的流行病流行是历史上最严重的时期。坏血病流行于整个北欧，如在斯堪的纳维亚及波罗的海沿岸，在德国内部患者亦极多，因而组织坏血病学会呼声日高。
疟疾在意大利流行，在那波利最甚。1602年在卡瓦拉瑞的书中记载因患疟疾而死亡者不下4万人。在本世纪后半期，于1657年至1664年发生新流行病，尤以英国为甚；威利斯在他写的《发热病》一书中，谈到英国在1657年整个国家几乎成为一个大医院。此种发热病似为一种不规则的间歇型，与1661年博雷利在比萨所观察到的相似。
流行性斑疹伤寒发生于法国、德国及低平原各国，特别是在三十年战争之际；在意大利则从1628年至1632年流行；至本世纪末期，在北欧流行极烈。
腺鼠疫在欧洲被消灭不久，继之黑死病又在本世纪重新出现，而且极为猛烈。1628年至1629年在里昂城，可怕的流行病几乎使半数居民死亡。米兰在1630年有86 000名居民死亡，而在威尼斯共和国死亡者不下50万人；黑泽认为此次灾害是威尼斯衰落的主要原因。科拉迪根据确实的档案，认为在1630年至1631年之间，估计仅在北意大利地方，死于鼠疫者就有100万人。
鼠疫亦曾在荷兰及德国传播流行。1654年至1656年东欧人民曾因此病死亡甚多。其后疫情又返回意大利，特别是在那波利及意大利北部城市，致使该区荒芜，如热那亚城一年中，死亡达65 000人。1655年伦敦发生黑死病，流行极为严重；后又发生了大火灾，致使灾难更加可怖。大火三日，毁坏了城市的大部。由于此次火灾，人民不得不撤离，而多数鼠类被烧死，这似有利于控制鼠疫的进一步流行。1679年维也纳城因鼠疫死亡了10万人，布拉格城的死亡人数亦大致相同。
本世纪中，天花在东欧及英国(1666～1675)特别猖獗。在美洲的殖民地，循着大西洋海岸，特别是在新英格兰、宾夕法尼亚及查尔斯顿流行最烈。猩红热，正如科拉迪所述，在中古时代已经被知悉，并曾由英格拉西亚(Ingrassia)加以论述，称之为rossania；但当时与麻疹相混，不能鉴别，1671年西顿哈姆和莫顿曾对其做了详细的研究及描述。此二人对于流行性痢疾也曾做过详细的观察。
在本世纪，对于白喉病第一次做了详细的论述。古代著作中曾经论述过这种病，特别是在《犹太法规集》内。阿勒特斯和埃伊丢斯二人曾谈到一种疾病，在喉中成疡，有白色及灰色的痂。早期的关于白喉病的论述，约见于本世纪初西班牙的书中。白喉从西班牙传至那波利，该城的诺拉等曾予论述(1620)。1610年，塞韦里诺已在那波利城实行了气管切开术。
在本世纪内，由于流行病的灾难，促进了有利于医学卫生的各种研究及观察，为近代卫生学的发展铺平了道路。
在流行性感冒流行时，兰奇西计划了一系列的卫生措施。他的《沼泽的危害》一书，对于死水的危害做了深刻的观察及记载，如果他的意见得到重视，那么意大利会有许多生命及财富免于灾害。兰奇西主张在恶性发热病流行的地方，将池塘及湿沼地段的污水排除，是使这些地方的人保持健康的惟一方法；他认为禁止毁灭树林是政府的责任，因为高大的树能改善空气的性质；他认为金鸡纳皮是治疗湿沼热病(疟疾)的特效药。他致力于改善意大利的公共卫生，以后其他科学家继续了此项工作。
17世纪末期，最重要的进步是社会卫生及环境卫生立法方面。1656年罗马城鼠疫流行时，教皇的特派卫生委员加斯塔尔迪曾采取了下列有力措施：在城门及边界设立卫生督察；所有的旅行者皆须持有健康证明书；街道及下水道均须整理洁净；对沟渠水道要做定期检查；设立衣服消毒地点；禁止人群聚集。加斯塔尔迪所著的De avertenda etprofliganda peste(1684)一书内记有245条卫生法令，都是在防预鼠疫时颁布的，是历史上的一个重要文件。1699年卢加(Lucca)共和政府的卫生评议会公开宣称："患痨瘵病或他种类似疾病死亡者，其遗留下的衣服，以后将不会对人体的健康有所危害。"同时并决定，要求医学院的医师"对于在六个月前所诊视过的，凡属法令中所提到的疾病，无论男女或其身份如何，皆当报告，以便做适当的预防"。不久，医学院即做出报告，将卢加患痨瘵病或疑似痨瘵病的名单送呈卫生评议会；当局即对患者施以必需的处理如消毒等，并准许医师对死于痨瘵者进行尸体检验，以便研究病的性质。但因时机尚未成熟，该动议遭到市民的反对，难以执行。
医学进步给人类带来许多好处，当然公共卫生和社会医学也获益匪浅。如果说，医学思想经过很多世纪的进化，我们可以从中认识到原始的局部疾病概念如何缓慢而坚定地向整体疾病思想发展，那么，我们更可肯定地继续向着追寻一种集体健康观点发展。原始文明最初产生的是个人生病的概念，后来"卫生"这个概念出现，它有了群体利益的意思：首先是家庭的，然后是国家的，最后是全世界--这才是真正的社会概念。正如医生终于确信疾病绝非仅限于一个器官，它……
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